在Ubuntu上为Java应用程序配置SSL，通常需要以下几个步骤：

1. 安装Java开发工具包（JDK）： 如果你还没有安装JDK，请先安装它。你可以使用以下命令安装OpenJDK：

   sudo apt update
   sudo apt install openjdk-11-jdk
   

2. 生成SSL证书： 你可以使用Java的keytool工具来生成自签名的SSL证书。以下是生成证书的命令：

   keytool -genkey -alias mydomain -keyalg RSA -keystore keystore.jks -storepass mypassword -validity 360 -keysize 2048
   

   这个命令会创建一个名为keystore.jks的密钥库文件，其中包含一个别名为mydomain的密钥对。你需要将mypassword替换为你自己的密码，并根据需要调整其他参数。

3. 配置Java应用程序使用SSL： 在你的Java应用程序中，你需要配置SSL上下文以使用生成的密钥库。这通常涉及到修改应用程序的启动脚本或代码。以下是一个简单的示例，展示了如何在Java代码中设置SSL上下文：

   import javax.net.ssl.KeyManagerFactory;
   import javax.net.ssl.SSLContext;
   import java.io.FileInputStream;
   import java.security.KeyStore;
   
   public class SSLServer {
       public static void main(String[] args) throws Exception {
           // 加载密钥库
           String keystorePath = "/path/to/keystore.jks";
           char[] keystorePassword = "mypassword".toCharArray();
           KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance(KeyStore.getDefaultType());
           try (FileInputStream fis = new FileInputStream(keystorePath)) {
               keyStore.load(fis, keystorePassword);
           }
   
           // 初始化KeyManagerFactory
           KeyManagerFactory keyManagerFactory = KeyManagerFactory.getInstance(KeyManagerFactory.getDefaultAlgorithm());
           keyManagerFactory.init(keyStore, keystorePassword);
   
           // 初始化SSLContext
           SSLContext sslContext = SSLContext.getInstance("TLS");
           sslContext.init(keyManagerFactory.getKeyManagers(), null, null);
   
           // 使用SSLContext创建SSLSocketFactory
           javax.net.ssl.SSLSocketFactory sslSocketFactory = sslContext.getSocketFactory();
   
           // 在这里配置你的服务器以使用sslSocketFactory
           // ...
       }
   }
   

   请确保将/path/to/keystore.jks和mypassword替换为实际的密钥库路径和密码。

4. 测试SSL配置： 启动你的Java应用程序，并确保它能够成功地使用SSL进行通信。你可以使用浏览器或命令行工具（如curl）来测试SSL连接。

   curl -v https://localhost:8443
   

   如果一切配置正确，你应该能够看到SSL握手的过程，并且连接应该是加密的。

请注意，这些步骤适用于自签名证书和测试环境。对于生产环境，你应该使用由受信任的证书颁发机构（CA）签发的证书，并且可能需要更详细的配置，包括信任库的设置和协议版本的指定。