在Ubuntu Overlay中设置权限可通过以下方式：

1. 挂载时指定权限：使用mount -t overlay命令，通过-o选项设置uid、gid（用户ID和组ID）或default_permissions（继承父目录权限）。

   sudo mount -t overlay overlay -o lowerdir=/lower,upperdir=/upper,workdir=/work,uid=1000,gid=1000 /mnt/overlay  
   

2. 修改文件/目录权限：挂载后，用chown和chmod命令调整权限。

   sudo chown -R user:group /mnt/overlay  # 修改所有者  
   sudo chmod -R 755 /mnt/overlay         # 修改权限（755：所有者可读写执行，组和其他可读执行）  
   

3. 细粒度权限控制：用setfacl命令设置访问控制列表（ACL），支持针对用户/组的权限设置。

   sudo setfacl -m u:user:rwx /mnt/overlay/file  # 给指定用户添加读写执行权限  
   sudo setfacl -d -m g:group:rwx /mnt/overlay  # 设置默认ACL（新文件/目录继承组权限）  
   

4. 结合安全模块：启用SELinux或AppArmor，通过配置策略限制访问。

注意：操作前需用sudo获取管理员权限，修改权限时确保不影响系统安全性。