在Linux上使用FileZilla进行多线程传输，可按以下步骤设置：

1. 打开FileZilla客户端，点击“编辑”菜单，选择“设置”。
2. 在设置窗口中，选择“传输”选项卡。
3. 勾选“使用多线程传输”选项，然后在“线程数”下拉框中选择合适的线程数。
4. 若需为特定站点设置，可在“站点管理器”中选中站点，切换到“传输设置”选项卡，设置“最大并发连接数”。

设置完成后，即可开始多线程传输，可通过队列视图监控进度。