在Debian上选择MongoDB版本时，需综合考虑以下因素：

1. 系统兼容性：需选择与Debian版本匹配的MongoDB版本，如Debian 11可选用MongoDB 5.x、6.x等。
2. 稳定性与维护：生产环境推荐选择长期支持（LTS）的稳定版本，如MongoDB 5.x、6.x系列，它们经过充分测试且支持周期长。
3. 功能需求：根据应用需求选择版本，如需使用新特性（如事务、聚合管道优化等）可选用较新版本。
4. 安全性：优先选择包含最新安全补丁的版本，如MongoDB 4.4+版本增强了安全性。

安装时，可通过添加官方仓库、导入密钥等步骤完成，具体命令可参考官方文档。