在CentOS系统中管理Node.js依赖，通常使用npm（Node Package Manager）或yarn作为包管理工具。以下是使用这两个工具进行依赖管理的步骤：

1. 安装Node.js和npm： 如果你还没有安装Node.js和npm，可以通过以下命令安装：

   sudo yum install -y nodejs npm
   

   这将同时安装Node.js和npm。

2. 初始化项目： 在你的项目目录中，运行以下命令来创建一个package.json文件，这个文件将用来记录项目的依赖关系。

   npm init
   

   按照提示填写信息，或者使用npm init -y来接受默认设置。

3. 安装依赖： 使用npm安装项目所需的依赖包，例如：

   npm install express --save
   

   这将安装Express框架，并将其添加到package.json文件的依赖列表中。

4. 安装开发依赖： 如果你需要安装仅在开发环境中使用的依赖，可以使用--save-dev标志：

   npm install mocha --save-dev
   

   这将安装Mocha测试框架，并将其添加到package.json文件的devDependencies列表中。

5. 更新依赖： 随着时间的推移，你可能需要更新项目中的依赖包。可以使用以下命令来更新单个包：

   npm update package-name
   

   或者更新所有包：

   npm update
   

6. 移除依赖： 如果你需要从项目中移除某个包，可以使用以下命令：

   npm uninstall package-name
   

   这将从node_modules目录中移除该包，并更新package.json文件。

7. 使用yarn（可选）： Yarn是另一个流行的JavaScript包管理工具，它提供了与npm类似的功能，但具有一些额外的特性，如更快的安装速度和更严格的依赖解析。要使用yarn，首先需要安装它：

   sudo yum install -y yarn
   

   然后，你可以使用yarn add来安装依赖，使用yarn remove来移除依赖，以及使用yarn upgrade来更新依赖。

无论你选择使用npm还是yarn，都可以有效地管理你的Node.js项目依赖。记得定期更新你的依赖包，以确保项目的安全性和稳定性。