在Ubuntu上使用PhpStorm管理项目，首先要安装PhpStorm，可访问官网下载安装包，解压后通过终端启动，安装过程中可配置环境变量等。创建项目时，打开PhpStorm，点击“欢迎”屏幕中的“创建新项目”按钮，选择项目类型，如“PHP空项目”，配置名称、位置、PHP版本等设置后完成创建。

项目创建后，可在“项目视图”中管理文件和目录，右键点击项目根目录可进行新建目录等操作。若需版本控制，可在“VCS”菜单中选择相关操作，如“Enable Version Control Integration”来集成Git，还能配置远程仓库等。运行和调试方面，可在“Run”菜单中添加调试配置，选择Xdebug作为调试引擎来运行和调试代码。