在CentOS系统中，管理Node.js依赖包的常用方法是使用npm（Node Package Manager）或yarn。以下是使用这两种工具的方法：

1. 使用npm（Node Package Manager）：

   a. 安装Node.js：首先确保已经在CentOS上安装了Node.js。如果尚未安装，请访问Node.js官方网站（https://nodejs.org/）下载并安装适用于CentOS的Node.js版本。

   b. 初始化项目：在项目根目录下，运行npm init命令。这将创建一个package.json文件，用于存储项目的元数据和依赖关系。

   c. 安装依赖包：使用npm install --save命令安装所需的依赖包。例如，要安装express，请运行npm install express --save。这将在package.json文件中添加express作为依赖项，并将其安装在node_modules文件夹中。

   d. 更新依赖包：要更新项目中的依赖包，请运行npm update命令。这将检查package.json文件中的依赖项，并将它们更新到最新版本。

   e. 删除依赖包：要删除不再需要的依赖包，请运行npm uninstall 命令。例如，要删除express，请运行npm uninstall express。

2. 使用yarn：

   a. 安装Node.js：与上述方法相同，首先确保已经在CentOS上安装了Node.js。

   b. 安装yarn：运行以下命令以全局安装yarn：

   npm install -g yarn
   

   c. 初始化项目：与上述方法相同，在项目根目录下运行yarn init命令。

   d. 安装依赖包：使用yarn add 命令安装所需的依赖包。例如，要安装express，请运行yarn add express。这将在package.json文件中添加express作为依赖项，并将其安装在node_modules文件夹中。

   e. 更新依赖包：要更新项目中的依赖包，请运行yarn upgrade命令。这将检查package.json文件中的依赖项，并将它们更新到最新版本。

   f. 删除依赖包：要删除不再需要的依赖包，请运行yarn remove 命令。例如，要删除express，请运行yarn remove express。

通过以上方法，您可以在CentOS系统上轻松地管理Node.js依赖包。