在CentOS中运行SQL Server并防止SQL注入，可以采取以下措施：

1. 使用参数化查询： 参数化查询是防止SQL注入的最有效方法之一。通过将用户输入的数据作为参数传递给SQL语句，而不是直接将数据嵌入到SQL语句中，可以避免恶意用户通过构造特殊输入来改变SQL语句的结构。

2. 使用ORM（对象关系映射）工具： ORM工具如Hibernate、Entity Framework等通常内置了防止SQL注入的功能。它们通过生成参数化查询或使用其他安全机制来确保用户输入不会被解释为SQL代码。

3. 限制数据库权限： 为应用程序的数据库账户分配最小必要的权限。例如，如果应用程序只需要读取数据，则不要授予写入权限。这样可以减少潜在的安全风险。

4. 输入验证： 在将用户输入传递给数据库之前，对其进行验证。确保输入符合预期的格式和类型，并拒绝任何不符合要求的输入。

5. 使用Web应用防火墙（WAF）： WAF可以帮助识别和阻止恶意请求，包括那些试图进行SQL注入的请求。配置WAF以识别和拦截常见的SQL注入模式。

6. 更新和打补丁： 定期更新SQL Server和相关的软件组件，以确保已修复已知的安全漏洞。

7. 监控和日志记录： 监控数据库活动并记录可疑行为。这有助于及时发现潜在的SQL注入攻击，并采取相应的措施。

8. 使用安全的连接字符串： 确保连接字符串不包含敏感信息，如用户名和密码。可以使用加密或其他安全措施来保护连接字符串。

9. 教育和培训： 对开发人员进行安全意识培训，使他们了解SQL注入的风险以及如何编写安全的代码。

请注意，以上建议并非一成不变，应根据具体情况进行调整。在实施任何安全措施时，请务必进行充分的测试，以确保它们不会对应用程序的正常功能产生负面影响。