在Ubuntu系统中，管理JavaScript（JS）文件的方法有很多种。以下是一些建议：

1. 使用文件浏览器：Ubuntu自带的文件浏览器Nautilus可以帮助你管理JS文件。你可以轻松地创建、编辑、删除和移动文件。

2. 使用命令行：Ubuntu提供了强大的命令行工具，如Terminal和Shell，可以帮助你更高效地管理JS文件。你可以使用命令行来创建、编辑、删除和移动文件，以及执行其他操作。

3. 使用文本编辑器：有许多文本编辑器可以帮助你编辑JS文件，如Visual Studio Code、Sublime Text、Atom等。这些编辑器通常具有语法高亮、代码提示和自动补全等功能，可以提高你的编程效率。

4. 使用版本控制系统：为了更好地管理JS文件的变更历史，你可以使用版本控制系统（如Git）来跟踪文件的修改。这样，你可以轻松地回滚到之前的版本，或者查看文件的历史更改记录。

5. 使用项目结构：为了保持项目的整洁和可维护性，建议使用一种结构化的方式来组织你的JS文件。例如，你可以将不同功能的代码放在不同的文件夹中，或者遵循某种编码规范（如ESLint）来保持代码的一致性。

6. 使用模块化：为了提高代码的可读性和可维护性，建议使用模块化的方式来组织你的JS文件。这意味着将代码拆分成多个独立的模块，每个模块负责一个特定的功能。这可以通过使用CommonJS、AMD或ES6模块等技术来实现。

总之，在Ubuntu系统中管理JS文件的方法有很多种，你可以根据自己的需求和喜好选择合适的方法。