在Ubuntu上调试Java程序主要有以下两种方式：

• 命令行调试：使用JDK自带的jdb工具。先编译程序时添加-g选项生成调试信息，再通过jdb设置断点、单步执行、查看变量等。例如：

  javac -g HelloWorld.java  # 编译时添加调试信息
  jdb HelloWorld            # 启动调试器
  stop at HelloWorld:5      # 在第5行设置断点
  run                       # 运行程序到断点
  step                      # 单步执行
  print variableName        # 查看变量值
  

• IDE图形化调试：使用Eclipse、IntelliJ IDEA等IDE。以IntelliJ IDEA为例，需先配置调试参数（如远程调试需添加-agentlib:jdwp参数），再通过图形界面设置断点、查看变量、单步执行等。

此外，还可通过jps查看Java进程，jstack分析线程堆栈，或使用VisualVM监控程序运行状态。