在CentOS系统中，PhpStorm通常通过集成Git进行版本控制，具体操作如下：

1. 安装Git：在终端中执行sudo yum install git命令安装Git。
2. 配置Git：在PhpStorm中，依次点击“File”>“Settings”>“Version Control”>“Git”，在“Path to Git executable”中选择Git可执行文件路径（通常为/usr/bin/git），还可设置用户名和邮箱，点击“Test”按钮验证配置是否正确。
3. 初始化仓库：在PhpStorm中打开项目，右键点击项目根目录，选择“Git”>“Initialize Repository”。
4. 克隆仓库：若需克隆远程仓库，选择“VCS”>“Checkout from Version Control”>“Git”，输入远程仓库URL和本地存放目录，点击“Clone”。
5. 版本控制操作：添加文件到版本控制，右键点击文件或文件夹，选择“Git”>“Add”；提交更改，选择“Git”>“Commit Directory”，输入提交信息后点击“Commit”；推送更改，选择“Git”>“Push”；拉取更改，选择“Git”>“Pull”。