在Linux下设置FileZilla断点续传，可按以下步骤操作：

1. 打开FileZilla，点击“编辑”菜单，选择“设置”。
2. 在设置窗口左侧，展开“传输”选项。
3. 点击“对已存在文件的操作”，在“上传”部分的下拉菜单中选“继续文件传输”。
4. 若需设置传输模式，可在“传输”选项中找到“FTP”，选择“传输模式”，根据网络环境选“主动模式”或“被动模式”。
5. 确保“启用断点续传”选项已勾选（部分版本可能默认勾选）。

此外，传输过程中可通过“操作”菜单的“暂停”和“继续”按钮手动控制断点续传。