在Ubuntu上编译Java程序时，可能会遇到编码设置问题。这通常是因为源代码文件的字符编码与编译器默认的编码不匹配所导致的。为了解决这个问题，你可以在编译时指定编码。

使用javac命令编译Java文件时，可以通过-encoding参数来设置编码。例如，如果你的源代码文件使用的是UTF-8编码，你可以这样编译：

javac -encoding UTF-8 YourJavaFile.java

如果你需要为整个项目设置编码，可以在项目的构建工具（如Maven或Gradle）中进行配置。

对于Maven，你可以在pom.xml文件中添加以下配置：

<properties>
    <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
</properties>

对于Gradle，你可以在build.gradle文件中添加以下配置：

tasks.withType(JavaCompile) {
    options.encoding = 'UTF-8'
}

这样，在编译整个项目时，Maven和Gradle都会使用指定的编码。