在Debian系统上备份JavaScript应用程序的日志数据，可以按照以下步骤进行：

1. 确定日志文件的位置： 首先，你需要知道你的JavaScript应用程序的日志文件存储在哪里。通常，这些日志文件可能位于/var/log/目录下，或者在应用程序的特定目录中。

2. 创建备份目录： 在进行备份之前，建议创建一个专门用于存放备份文件的目录。例如，你可以在用户主目录下创建一个名为logs_backup的目录：

   mkdir ~/logs_backup
   

3. 使用tar命令进行压缩备份： 你可以使用tar命令将日志文件打包并压缩成一个.tar.gz文件。假设你的日志文件位于/var/log/myapp/目录下，可以使用以下命令进行备份：

   tar -czvf ~/logs_backup/myapp_logs_$(date +%Y%m%d%H%M%S).tar.gz /var/log/myapp/
   

   这条命令会将/var/log/myapp/目录下的所有文件打包并压缩成一个名为myapp_logs_YYYYMMDDHHMMSS.tar.gz的文件，其中YYYYMMDDHHMMSS是当前的日期和时间。

4. 使用rsync命令进行增量备份： 如果你希望进行增量备份（即只备份自上次备份以来发生变化的文件），可以使用rsync命令。首先，创建一个用于存放增量备份的目录：

   mkdir -p ~/logs_backup/incremental
   

   然后，使用以下命令进行增量备份：

   rsync -av --delete ~/logs_backup/incremental/ /var/log/myapp/
   rsync -av --delete /var/log/myapp/ ~/logs_backup/incremental/
   

   这条命令会将/var/log/myapp/目录下的文件同步到~/logs_backup/incremental/目录下，并删除在目标目录中存在但在源目录中不存在的文件。

5. 定期执行备份任务： 你可以使用cron作业来定期执行备份任务。编辑当前用户的crontab文件：

   crontab -e
   

   然后，添加一行来指定备份任务的时间间隔。例如，每天凌晨2点执行备份任务：

   0 2 * * * /path/to/your/backup_script.sh
   

   其中，/path/to/your/backup_script.sh是包含上述备份命令的脚本文件的路径。

通过以上步骤，你可以在Debian系统上有效地备份JavaScript应用程序的日志数据。