在Debian系统上应用GIMP滤镜效果，可按以下步骤操作：

1. 安装GIMP：打开终端，输入sudo apt update和sudo apt install gimp进行安装。
2. 打开图像：启动GIMP后，点击“文件”>“打开”，选择要编辑的图像。
3. 选择滤镜：点击“滤镜”菜单，浏览其子菜单，如“模糊”“锐化”“艺术效果”等，选择所需滤镜。
4. 调整参数：滤镜弹出对话框后，根据需求调整参数，部分滤镜可预览效果。
5. 应用滤镜：参数调整满意后，点击“确定”应用滤镜。
6. 保存图像：点击“文件”>“导出为”，选择格式和保存位置完成保存。

此外，还可通过安装插件或使用脚本扩展滤镜库，实现更丰富的效果。