在 CentOS 系统中，配置 Java 应用程序的日志权限需要遵循以下步骤：

1. 确保已经安装了 Java 运行环境。如果没有，请使用以下命令安装：

sudo yum install java-1.8.0-openjdk

2. 部署 Java 应用程序。将应用程序的 JAR 文件放在一个合适的目录中，例如 /opt/myapp。

3. 创建一个用于存储日志文件的目录。例如，创建一个名为 logs 的目录：

sudo mkdir /opt/myapp/logs

4. 更改日志目录的权限，以便 Java 应用程序可以写入日志文件。通常，你需要将目录的所有者更改为运行 Java 应用程序的用户。例如，如果 Java 应用程序以 myuser 用户身份运行，请执行以下命令：

sudo chown myuser:myuser /opt/myapp/logs

5. 配置 Java 应用程序的日志系统。这取决于你使用的日志框架。例如，如果你使用的是 Log4j，可以在 log4j.properties 或 log4j.xml 文件中配置日志文件的路径和权限。确保将日志文件的路径设置为 /opt/myapp/logs 目录中的一个文件。

6. 以正确的用户身份运行 Java 应用程序。例如，如果 Java 应用程序以 myuser 用户身份运行，请执行以下命令：

sudo -u myuser java -jar /opt/myapp/myapp.jar

这样，Java 应用程序应该可以在 /opt/myapp/logs 目录中创建和写入日志文件。如果遇到权限问题，请检查目录和文件的权限设置，并确保 Java 应用程序以正确的用户身份运行。