要清理Linux系统上的Node.js日志文件，您可以按照以下步骤操作：

1. 首先，找到存储Node.js日志文件的目录。通常情况下，日志文件位于项目根目录下的logs文件夹中，或者您可以在启动Node.js应用程序时指定日志文件的路径。

2. 使用命令行界面（如Terminal或SSH）连接到您的Linux服务器。

3. 使用cd命令导航到存储日志文件的目录。例如：

   cd /path/to/your/nodejs/logs
   

4. 确定要删除的日志文件。您可以使用ls命令查看目录中的文件：

   ls -l
   

5. 使用rm命令删除日志文件。例如，要删除名为app.log的文件，请执行以下命令：

   rm app.log
   

   如果您想删除目录中的所有日志文件，可以使用*通配符：

   rm *.log
   

6. 如果您希望定期自动清理日志文件，可以考虑使用cron作业来实现。首先，打开当前用户的crontab配置文件：

   crontab -e
   

7. 在打开的编辑器中，添加一行以设置定时任务。例如，要每天凌晨1点清理日志文件，请添加以下内容：

   0 1 * * * cd /path/to/your/nodejs/logs && rm *.log
   

   保存并关闭编辑器。现在，您的定时任务已设置，将在指定的时间自动清理日志文件。

请注意，在删除日志文件之前，确保您已备份或不再需要这些文件，因为删除操作是不可逆的。