在Windows 2008 R2中，可以通过以下步骤来禁止运行批处理文件：

1、打开“组策略编辑器”：

点击“开始”按钮，选择“运行”。

在“运行”对话框中输入“gpedit.msc”，然后点击“确定”。

2、在“组策略编辑器”窗口中，依次展开“计算机配置”、“管理模板”、“系统”。

3、双击右侧的“不要运行指定的Windows应用程序”。

4、在弹出的“不要运行指定的Windows应用程序”窗口中，选择“已启用”。

5、点击“显示”按钮，然后在弹出的“显示内容”窗口中，点击“添加”。

6、在“添加项目”窗口中，输入以下信息：

操作：设置为“不允许”。

应用程序扩展名：输入“.bat”（表示批处理文件）。

描述：可以输入任何你想要的描述。

7、点击“确定”按钮，然后再次点击“确定”按钮关闭“不要运行指定的Windows应用程序”窗口。

8、点击“应用”按钮，然后点击“确定”按钮保存设置。