在Debian系统中管理Node.js依赖包，通常使用npm（Node Package Manager）或yarn。以下是使用这两个工具的方法：

1. 使用npm（Node Package Manager）：

   a. 安装Node.js和npm：在Debian系统上，可以使用以下命令安装Node.js和npm：

   sudo apt update
   sudo apt install nodejs npm
   

   b. 初始化项目：在项目目录中运行以下命令，创建一个package.json文件，用于存储项目的依赖关系。

   npm init
   

   c. 安装依赖包：使用npm install命令安装所需的依赖包。例如，要安装express，可以运行：

   npm install express --save
   

   这会将express添加到package.json文件的依赖列表中。

   d. 更新依赖包：要更新项目中的依赖包，可以使用npm update命令。这将更新package.json文件中列出的所有依赖包。

   e. 删除依赖包：要删除不再需要的依赖包，可以使用npm uninstall命令。例如，要删除express，可以运行：

   npm uninstall express --save
   

   这将从package.json文件的依赖列表中移除express。

2. 使用yarn：

   a. 安装Node.js和yarn：在Debian系统上，可以使用以下命令安装Node.js和yarn：

   sudo apt update
   sudo apt install nodejs npm
   npm install -g yarn
   

   b. 初始化项目：与npm类似，使用以下命令创建一个package.json文件：

   yarn init
   

   c. 安装依赖包：使用yarn add命令安装所需的依赖包。例如，要安装express，可以运行：

   yarn add express
   

   这会将express添加到package.json文件的依赖列表中。

   d. 更新依赖包：要更新项目中的依赖包，可以使用yarn upgrade命令。这将更新package.json文件中列出的所有依赖包。

   e. 删除依赖包：要删除不再需要的依赖包，可以使用yarn remove命令。例如，要删除express，可以运行：

   yarn remove express
   

   这将从package.json文件的依赖列表中移除express。

通过以上方法，您可以在Debian系统中使用npm或yarn管理Node.js项目的依赖包。