在Ubuntu 18.04和16.04 LTS上使用Let's Encrypt保护Nginx的方法如下：

1、安装Nginx

我们需要在服务器上安装Nginx，可以使用以下命令安装Nginx：

sudo aptget update
sudo aptget install nginx

2、安装Certbot和Nginx插件

接下来，我们需要安装Certbot和Nginx插件，Certbot是一个用于管理Let's Encrypt证书的工具，而Nginx插件则允许Certbot与Nginx集成。

sudo aptget install softwarepropertiescommon
sudo addaptrepository ppa:certbot/certbot
sudo aptget update
sudo aptget install certbot python3certbotnginx

3、配置Nginx

现在，我们需要为Nginx创建一个新的配置文件，以便将其与Let's Encrypt集成，备份现有的Nginx配置文件：

sudo cp /etc/nginx/sitesavailable/default /etc/nginx/sitesavailable/default.bak

编辑新的Nginx配置文件：

sudo nano /etc/nginx/sitesavailable/default

将以下内容添加到配置文件中，替换your_domain为您的域名：

server {
    listen 80;
    server_name your_domain www.your_domain;
    return 301 https://$host$request_uri;
}
server {
    listen 443 ssl;
    server_name your_domain www.your_domain;
    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/your_domain/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/your_domain/privkey.pem;
    # ...其他Nginx配置...
}

保存并关闭文件，重新加载Nginx配置：

sudo nginx t
sudo systemctl reload nginx

4、获取Let's Encrypt证书

我们可以使用Certbot获取Let's Encrypt证书，运行以下命令，替换your_domain为您的域名：

sudo certbot nginx d your_domain d www.your_domain

按照提示操作，完成证书的申请和安装，完成后，您的Nginx服务器应该已经成功配置了Let's Encrypt证书。