Linux学习笔记：用conda安装fastp

2024年4月29日 互联网

Linux中安装miniconda

miniconda即conda的简略版，常用于Linux中的生信分析

  • Linux中conda的安装
    wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • 安装过程一路yes，但中间有个给文件夹命名的步骤记得命名文件夹
  • 换成清华镜像源，速度更快
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

  • 找到你刚才安装的conda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate
    activate

  • 添加权限
    chmod 777 activate

  • 启动conda
    . ./activate，出现（base）即成功
    base

用conda安装fastp

  • 选对能用的源后（推荐清华镜像源）直接输入conda install fastp

  • 安装后尝试读取复制到目录下的双端测序数据（paired-end，PE）文件R1.fq.gz和R2.fq.gz：fastp -i in.R1.fq.gz -o out.R1.fq -I in.R2.fq.gz -O out.R2.fq，这里注意输入文件得在目录下，并给出输出名

  • 中间遇到报错“Permission denied”，经-ls查看需要被读写的文件发现是权限问题，使用chmod 777 + 文件名解决问题

权限 权限数值 二进制 具体作用
r 4 00000100 read，读取。当前用户可以读取文件内容，当前用户可以浏览目录。
w 2 00000010 write，写入。当前用户可以新增或修改文件内容，当前用户可以删除、移动目录或目录内文件。
x 1 00000001 execute，执行。当前用户可以执行文件，当前用户可以进入目录。
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